Secuenciación de ARN de célula única con biopsia por aspiración encuentra subclon agresivo en tumores pancreáticos

Desde su introducción en 1992, la biopsia por aspiración endoscópica (EUS-FNB) ha sido esencial para el diagnóstico del cáncer de páncreas, con alta precisión y mínima invasividad. Este estudio aborda las limitaciones actuales en la recolección de tejidos para secuenciación de ARN de célula única (scRNA-seq), permitiendo explorar subclones tumorales que los métodos convencionales no pueden detectar.

Material y métodos

Se realizó un estudio prospectivo en un centro especializado en cáncer de páncreas en Taiwán, utilizando biopsias de 20 pacientes con lesiones sospechosas. Las muestras se clasificaron según técnicas de succión con presión negativa de 5 ml y sin succión, y se procesaron para generar suspensiones celulares viables.

Preparación de muestras y justificación del tamaño de muestra

Cada muestra fue dividida en tres fracciones: tejido blanco, material rojo y buffer, las cuales se procesaron siguiendo protocolos específicos para generar suspensiones celulares individuales. Las células se sometieron a digestión enzimática con buffers especializados durante 15 minutos para disociar el tejido en células individuales. 

Posteriormente, las suspensiones fueron centrifugadas para recolectar los pellets celulares, sometidas a un tratamiento con buffer de lisis de eritrocitos para eliminar glóbulos rojos y, finalmente, resuspendidas en un medio enriquecido con suero fetal bovino. Las muestras se mantuvieron en hielo durante todo el proceso y se evaluaron mediante tinción con azul de tripano

El riguroso protocolo permitió la recuperación de al menos 100.000 células vivas por muestra, con el objetivo de cumplir los requisitos para la secuenciación de ARN de célula única (scRNA-seq). 

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Resultados

En el grupo con succión a presión negativa de 5 ml, la recuperación de células vivas fue significativamente mayor, logrando un 80% de éxito (16/20 muestras), en comparación con el 10% (2/20 muestras) en el grupo sin succión. En promedio, el grupo con succión obtuvo un número total de células vivas de 3,4 × 10⁵ en el buffer y 1,8 × 10⁵ en el material rojo, frente a 1,3 × 10⁴ y 7,0 × 10³, respectivamente, en el grupo sin succión.

Además, las muestras con presión negativa alcanzaron una viabilidad celular superior al 70% en la mayoría de los casos, criterio esencial para scRNA-seq.

De las muestras se identificaron 15 subtipos celulares principales, incluyendo linfocitos T, células natural killer, fibroblastos y cuatro subclones específicos de células tumorales. Entre estos últimos, un subclon caracterizado por la alta expresión del gen UBE2C mostró una proliferación agresiva y una mayor proporción en tumores en etapas avanzadas.

En la base de datos del TCGA (The Cancer Genome Atlas), el análisis de 177 pacientes con adenocarcinoma ductal de páncreas corroboró que los tumores con alta expresión de UBE2C se asociaron con estadios más avanzados (T3/T4) y un peor pronóstico. La mediana de supervivencia global fue de 15.9 meses para pacientes con alta expresión de UBE2C, en comparación con 23.1 meses en aquellos con baja expresión (p=0,0016).

Los hallazgos destacan la viabilidad de EUS-FNB con presión negativa de 5 ml para scRNA-seq en práctica clínica, permitiendo estudiar la heterogeneidad tumoral a nivel de célula única. El subclon agresivo identificado podría ser clave en nuevas terapias dirigidas. Sin embargo, se necesita validar estos resultados en cohortes más amplias y estudiar mecanismos moleculares relacionados con UBE2C y transición epitelio-mesénquima. Este estudio establece un protocolo práctico para integrar scRNA-seq en la rutina clínica mediante EUS-FNB, mejorando la comprensión del cáncer pancreático y abriendo oportunidades para terapias personalizadas.