Un test detecta inestabilidad genómica en cáncer de ovario seroso de alto grado con alta precisión
Fecha
1 jun 2025
Resumen
El Dr. Ignacio Romero, del Instituto Valenciano de Oncología (IVO), desarrolló junto a su equipo una prueba basada en NGS low-pass que detecta inestabilidad genómica (GI) en cáncer de ovario seroso de alto grado (HGSOC), con el objetivo de facilitar la identificación de pacientes candidatas a inhibidores PARP mediante una solución validada, económica y de rutina.
Autor/a
Dra. Natalia Martínez Medina
Los inhibidores de PARP son una terapia estándar en HGSOC con inestabilidad genómica (GI). No obstante, las soluciones comerciales actuales para determinar el estatus de GI presentan limitaciones técnicas, económicas o logísticas. Por ello, el equipo del IVO propuso establecer un test académico accesible, empleando bibliotecas open-source y muestras FFPE, que permita implementar esta determinación en la práctica clínica diaria de forma costo-efectiva.
🧪 ¿Qué hicieron?
El estudio se ejecutó en dos fases: configuración técnica/analítica y validación clínica.
Etapa 1 (setup técnico):Se utilizaron 16 muestras FFPE, 8 tumorales de cánceres ginecológicos y 8 controles sanos. Se ajustaron condiciones óptimas de secuenciación para los pipelines bioinformáticos QDNA y Shallow-HRD usando software libre en R (v4.3.11).
Etapa 2 (validación clínica):Se analizaron 44 muestras FFPE de pacientes con diagnóstico confirmado de HGSOC y puntajes de inestabilidad conocidos (GIS) obtenidos por el test GIInger (Sophia Genetics), considerado estándar de referencia.
23 muestras presentaban GI (GIS ≥ 0)
21 muestras eran estables (GIS < 0)
Se utilizó el secuenciador NextSeq 2000 (2x100, Illumina) con cobertura 0.5x.
Los análisis se realizaron con R y Python.
📊 ¿Qué encontraron?
La validación clínica demostró un rendimiento excelente del test interno usando el pipeline QDNA + Shallow-HRD, con un umbral de corte de 20 para clasificar muestras como inestables.
Resultado | Valor |
Concordancia con test Sophia Genetics | 86.4 % |
Correlación entre puntajes continuos | 0.855 (p < 1,5·10⁻¹³) |
AUC (curva ROC) | 0.906 |
Muestras reclasificadas como estables tras recalibración | 5/44 |
➡ ️ Estos resultados validan el método como predictor eficaz de inestabilidad genómica en tumores HGSOC, usando muestras FFPE y herramientas de código abierto, lo que favorece su escalabilidad clínica.
✅ ¿Qué concluyeron?
El equipo del IVO presentó una prueba validada, de bajo costo y aplicable en la práctica diaria, capaz de detectar inestabilidad genómica en HGSOC con alta precisión y concordancia con métodos comerciales, lo que la posiciona como una alternativa prometedora para seleccionar pacientes candidatas a inhibidores de PARP.
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